Cost and performance analysis of efficiency, efficacy, and effectiveness of viral RNA isolation with commercial kits and heat shock as alternative method to detect SARS-CoV-2 by RT-PCR

Abstract

A finales de 2019 un nuevo virus reportado en Wuhan, China, identificado como SARSCoV-2 se propagó rápidamente desafiando al sistema de salud alrededor del mundo. La necesidad de una detección rápida, oportuna y precisa era fundamental para la prevención de brotes comunitarios del virus. Sin embargo, la elevada demanda mundial de reactivos durante los años 2020 y 2021 generaron un cuello de botella en kits empleados para la detección, afectando en gran medida a países en vías de desarrollo, rezagando su capacidad de diagnóstico y control del virus en la población. La dificultad de importación de reactivos, elevados costos y la limitante capacidad de acceso público a la prueba de detección de SARS-CoV-2 direccionó a la búsqueda de métodos alternativos. En este marco, se evaluaron y compararon diferentes metodologías de extracción de ácidos nucleicos comerciales frente al choque térmico como método alternativo para detección de SARS-CoV-2 mediante RT-PCR, con el fin del determinar el rendimiento diagnóstico y su posible bajo costo frente a las otras metodologías. Se emplearon muestras nasofaríngeas donde la eficiencia diagnóstica del método alternativo fue del 70 a 73%. La evacuación de la eficacia discriminatoria del método se tomó la sensibilidad y especificidad para establecer su punto de corte, siendo 0.73 a 0.817 que permite discriminar entre positivos y negativos de COVID-19. En cuanto a la efectividad diagnóstica expresada como la proporción de sujetos correctamente clasificados es entre 80 y 84%. Por otro lado, en términos de costos necesarios para llevar a cabo la detección, el método alternativo es más económico y accesible frente a los métodos comerciales disponibles en esta comparación y evaluación, siendo posible su implementación en países en desarrollo con altas tasas de contagio, permitiendo el acceso a la prueba diagnóstica con un método fiable y de bajo costo.