Revelando péptidos antimicrobianos en la secreción de la piel de la rana Agalychnis spurelli mediante secuenciamiento de ARN dirigido

Abstract

El estudio y caracterización de péptidos antimicrobianos en la piel de anfibios tradicionalmente utiliza técnicas moleculares como el clonaje de ARNm y el análisis proteómico mediante espectrometría de masas. Sin embargo, una limitación del clonaje molecular es que cada plásmido clonado representa solo una secuencia de interés, lo que requiere la clonación y secuenciación de un gran número de clones para identificar ciertos péptidos. Para superar esta limitación, se puede amplificar el ARN utilizando primers específicos y secuenciar los amplicones con tecnología de tercera generación, como la secuenciación por nanoporos. Este estudio tiene como objetivo identificar péptidos antimicrobianos en la secreción cutánea de la rana mono planeadora Agalychnis spurrelli utilizando el dispositivo MinION de Oxford Nanopore Technology. La metodología se dividió en tres fases: (a) creación y secuenciación de ADNc amplificado, (b) diseño de un pipeline para la obtención de secuencias precursoras, y (c) análisis predictivo de potenciales péptidos antimicrobianos. El flujo de trabajo diseñado permitió identificar 163 secuencias precursoras dentro del marco de lectura abierto (ORF), codificando 39 péptidos agrupados en 7 familias. Entre estos, se identificaron: Dermaseptinas, Triptofilinas, Filoseptinas, Filoquininas, Medusinas, Plasticinas, Caerinas y otros, además de inhibidores de proteínas de tipo Kazal. La caracterización fisicoquímica sugiere que 19 péptidos podrían tener actividad antimicrobiana. Estos resultados demuestran que la secuenciación por nanoporos al ARN dirigido es eficaz para dilucidar la diversidad de péptidos y proteínas en secreciones cutáneas de anfibios con potencial terapéutico.